一、简介
BLAT（BLAST-Like Alignment Tool）是由UCSC基因组浏览器团队开发的快速序列比对工具，主要用于将DNA或蛋白质序列快速比对到参考基因组，适用于精确定位序列在基因组中的位置（如外显子、基因结构等）。对于DNA序列，BLAT用来设计寻找95%及以上相似至少40个碱基的序列。对于蛋白质序列， BLAT用来设计寻找80%及以上相似至少20个氨基酸的序列。
BLAT用于查找mRNA或蛋白质在基因组中的位置，查看基因外显子的结构，显示全长基因的编码区域，分离一个物种的EST，查找基因家族，从其它物种中查找人类基因的同源物。
其特点包括：
● 速度快：针对大型基因组优化，比对速度显著高于传统BLAST。
● 精准定位：适合同一物种或近缘物种的序列比对。
● 基因组浏览器整合：结果可直接链接到UCSC基因组浏览器进行可视化。
二、使用说明
1. BLAT工具访问
通过官网https://genome.ucsc.edu/index.html，依次点击“Tools”后选择“Blat”。
跳转到序列比对页面，默认是“Human”的序列比对，可以通过下拉选项选择其它物种。
2. 输入序列
同样支持两种模式：输入序列和文件上传。
● 直接输入序列：支持FASTA格式的DNA或蛋白质序列（单条或多条序列）。
● 文件上传：直接粘贴到输入框，或上传.fasta文件。
3. 参数设置
● 基因组版本（Assembly）：选择目标物种和基因组版本（如Human GRCh38）。
● 序列类型（Query type）：DNA或蛋白质（默认是输入序列自动检测）。
● 输出排序（Sort output）：有5中选择，默认是“query，score”。
● 输出格式：有hyperlink、psl、psl no header、JSON选择。默认hyperlink（网页超链接格式）。
4. 提交任务
点击“Submit”按钮，等待结果（通常几秒至1分钟内完成）。
三、BLAT结果解读
BLAT结果页面包含以下关键信息：显示每个匹配的基因组位置、链方向、评分等。若查询序列匹配多个基因组位置，按评分排序，优先显示最佳匹配。
● Score：比对得分（越高越好，与匹配长度和一致性相关）。
● Identity：序列一致性百分比（如95%）。
● 基因组坐标：匹配的染色体位置（如chr1:12345-12678）。
● 比对可视化：点击“browser”链接跳转至UCSC基因组浏览器，查看序列在基因组中的位置及周边注释（如基因、外显子）。
在基因组浏览器中可以查看比对序列相关的所有信息。比如比对的序列在当前染色体的具体位置，zoom in会放大碱基区域，减少展现出来的区段，zoom out会扩大序列区段，看到周边基因的信息。每个区块包含不同数据库的对应的信息，鼠标放在颜色块上，会出现相应的说明或跳转链接。
四、BLAT与NCBI BLAST的区别
参考：
https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html
https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat.html
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/
【免责声明】发布内容来源于互联网、业内人士投稿以及微信公众号等公开资源，我们对文中观点持中立态度，文中观点不代表本平台的立场。所有文章仅供读者参考和交流使用。转载的文章版权归原作者所有，如有侵权行为，请及时与我们联系以便删除。
