数据库简介
BRENDA酶数据库是由德国科隆大学维护的酶学专业综合性数据库,收录超过130万个酶的数据。它为科学家和研究人员提供了一个宝贵的资源,用于查询和比较不同生物体中酶的详细特性。这些酶根据 Enzyme Commission 酶列表进行分类。涵盖来自 6710 个不同 EC 编号的酶。通常,具有非常不同特性的酶包含在同一个 EC 编号下。未完全分类的“B 酶”(BRENDA 提供的初步 EC 编号)主要填补其他已建立途径的空白。
这个数据库包含了大量关于酶的实验数据,包括它们在生物体内的来源、催化反应的类型、底物特异性、最适pH和温度、动力学参数(如米氏常数Km和最大反应速率Vmax)、抑制剂和激活剂的信息,以及酶的分子量和氨基酸序列等。BRENDA的数据来源于科学文献的广泛收集和整理,确保了信息的准确性和可靠性。
用户可以通过EC编号、酶名称、底物或生物来源等多种方式检索酶的相关信息,使得BRENDA成为生物化学、分子生物学、生物工程和药物开发等领域研究人员的不可或缺的工具。
数据库访问地址:https://www.brenda-enzymes.org
使用方法
检索页面
在首页搜索栏,通过筛选不同的检索项,可以输入以下任意内容:
● EC编号(如1.1.1.1)
● 酶名称(如"Alcohol dehydrogenase")
● 底物/产物名称(如"glucose")
也可以通过主页的六大板块分类进行数据精准检索
查看所有酶数据
可通过主页“All enzymes”查看Brenda数据库的所有酶数据。用户可选择详尽(long)或简要(short)版本的酶详情进行查看。
查看酶详细信息
示例:EC 1.14.18.1 - tyrosinase 酪氨酸酶
用户可通过左侧筛选栏,选择具体的酶详情信息进行查看,在酶相关数据展示面中的每个表格的顶部,用户都可以选择修改、扩展,或者优化在BRENDA的搜索。此外,有些表格包含大量的条目。为了清晰呈现,还可以进行条目的隐藏或显示
单击“Enzyme Nomenclature”图标,打开此部分的详细信息,点击“Synonyms”跳到表格界面,表格展示了Enzyme同源蛋白或相似性较高类蛋白
点击“Enzyme-Ligand Interactions”可以以获得更多关于该酶的底物,产物,抑制剂,辅助因子等相关信息
点击“Functional Parameters”,可得该酶的酶动力学数据、生理功能的数据,以及pH值、温度对酶的活性的影响情况等
点击“Enzyme Structure”,可获得该酶的蛋白序列、结构、分子量等数据
点击“Molecular Properties”,可获得该酶的分子属性相关数据,如pH稳定性、温度稳定性、克隆与表达数据等,这些数据都划分到不同的物种,并且有文献支撑,相当有价值
另外,“Diseases”疾病板块和“Reference”参考文献板块两部分数据较多,单击板块会快捷跳转到另一个页面,用户可查看与该酶相关的所有疾病数据和所有引用该EC号酶的文献,包括PubMed-ID和BRENDA中收录到的。
除此以外,用户还可以通过点击“External Links”进行其他数据库的访问,来获取更多的该酶的相关的信息。
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