Reaxys和Scifinder的大名,相信生物医药、化学研究等行业的小伙伴应该是如雷贯耳,当然不仅要听过这两款数据库平台,更应该得心应手的熟练掌握使用它的方法。Scifinder一般比较贵,Reaxys使用的频次会高一点。
Reaxys的药物化学模块Reaxys Medicinal Chemistry(以下简称“RMC”)是目前全球最大的小分子生物活性相关的药物化学数据库,涵盖了约880万个具有生物活性的化合物,4,800万条生物活性数据,42,000个可成药靶点等,包括体内、体外药物动力学实验以及毒性实验数据。
今天,我们就来为大家讲解一下RMC使用指南!主要分为RMC介绍、检索方法、使用体验三部分内容。
药物化学研究的神器——RMC
Reaxys中的Reaxys Medicinal Chemistry (Reaxys药物化学)模块,在2016年就开发出来了。之前,Reaxys产品团队走访了大量药物化学科研人员,发现他们对于专利和期刊中的活性数据是有检索需求的。所以决定从一系列期刊和专利中提炼化合物的活性数据,并将其与化合物相关联,同时结合原有的理化性质优势,为药物化学研究者提供化合物在不同体系内的活性数据。在提炼的时候,同时也考虑到原始文档中的单位问题,所以对于所有以mol为单位的数据,进行了标准化处理(pX),即转换成mol后做-log10处理,数据经过这样的处理,在相同的Bioassay,相同条件下,即可直接进行活性高低的对比。
RMC随着这几年的发展,变得越来越成熟,今年正式更名为Reaxys Target and Bioactivity。RMC数据的应用,不仅仅是查看化合物的活性数据,还能加速活性数据获取的效率,并做可视化的呈现。
检索方法
1.快速获取某个化合物的生物活性
利用RTB想要检索某个化合物的生物活性数据非常的简单,只需要在Reaxys的“Quick Search”模式中通过文字或者结构输入需要检索的化合物。点击“find”,在结果预览界面选择物质信息的“View Results”,即可查询获得该化合物所有的生物活性数据。
Reaxys把这些数据分为了五类:体外活性,体内动物模型,代谢,药代动力学及毒理安全性/数据。所有的数据均以标准化的表格形式展示,且会呈现参考文献来源。
2.查询某个靶点上的先导化合物
如果想要查询某个靶点上的活性分子,可以在Reaxys的Query Builder模式中定义靶点的名称及测量参数数据,同时还可以再定义化合物的骨架结构。所有的字段都支持在右侧字段栏进行检索。定义完毕后,选择Substance检索就可以获得该靶点上所有的活性分子。
在Reaxys的Query Buider中,有31个和药物化学相关的字段,用户可以选择添加相应的字段,即可进行组合检索。
使用体验
靶点数据 Target
以"glp-1 receptor"为示例进行检索
阅览Targets一栏结果如下,targets结果分为两类single protein或者是protein complex,均能找到对应的substances数据和documents数据
Target details数据如下,包含uniprot id及PDB id(如果存在)等,以及相关物质生物活性数据图:
protein complex示例如下:
下图为检索"EGFR"并展示靶点结果数据,会对应多个PDB数据,及唯一uniprot id:
筛选项可根据物质与靶点作用方式进行筛选
也可根据各种参数进行筛选
生物活性数据 Bioactivity
检索“dopamine”,显示substances数据结果如下,框内圈中为bioactivity数据
五部分数据所有字段如下,圈中部分为差异,与该数据自身属性相关。
1. In vitro: Efficacy 体外效力实验
定量结果
2. In vivo: Animal Model 动物模型体内实验
定量结果
3. Metabolism 代谢
定量结果
4. Pharmacokinetic 药代动力学
定量结果
5. Toxicity/Safety Pharmacology 毒性/安全药理学
定量结果
靶点与生物活性数据关联
当进入靶点数据结果后,筛选物质数据,并选中bioactivity(hit data)可以直接展示物质与靶点关系。
流程如下:
关于Reaxys
Reaxys由Elsevier出品,是一个全新的辅助化学研发的在线解决方案。是目前最全的有机化学、无机化学、金属有机化学事实与数值型数据库。Reaxys不仅可以快速通过关键词与结构获取化学相关信息还可以在中进行正向检索和逆向检索。收录16,000多种涉及化学领域的期刊,用户可以直接从Reaxys中获取全文链接,Reaxys的药学模块可以构建生物靶点的分类学,利用词表推荐功能,帮助用户精确输入所需要的靶点。
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