1，一般而言极性大的物质在极性固定相上的移动速率最小（因其吸引力最大）反之极性小的物质在极性固定相上的移动速率最大。但所有物质使用高极性流动相时在极性静相时之移动速率均增大。故依各分离物质的极性选择极性适当的固定相及流动相甚至其用量均为层析（Chromatography）成功之关键。
2，任何化学物若以 TLC 鉴定其纯度，其所显示的Rf 值超过0.7 或低于0.1 时，均无法确定其是否为单一点（one spot），因为在此种Rf 值时，许多Rf 较接近的点会重合。因此我们所选择观察物最适合之Rf 值为0.3-0.5。
3，Run Column 时所选用之solvent 系统应配合选用硅胶（stationary phase）的用量及sample（样品）的量来选择其极性组合，一般而言欲分离之主样品Rf 值以0.15-0.25为宜。
4，一般最常用之 Solvent 依其极性大小依次为n-Hexane(or pet.ether)<EtOAc<MeOH，组合为最通用，其他如Ether 也常为中极性之溶剂，对于氨类氯化溶剂如CH2Cl2,CHCl3常有特殊的效果，而Benzene 对含芳香性之化合物也会有出人意外之好效果。
5，Run Column 所用之Solvent 在配好后，应以TLC 再作检测一次，以确定是否为恰当之Solvent 系统。尤其若需要收集一点时，则在分离前之混合物必须留一些以便作比较参考用。
6，在填装层析管（packing column）时若不慎有气泡（如Solvent 部分流干）可补满Solvent后以木棒（或签字笔）轻敲管壁，让气泡浮出。因为气泡中没有硅胶，分离物流经此处时移动速度会比其他处快，而造成此区域分离物与其他无气泡处之分离物排列次序混乱之现象，影响分离效果。
7，在 Run Column 时所收集的分离份（fraction）体积（毫升）通常为硅胶克数的1/4 以下。实际情况可用下列公式来求出约略值，如欲分离成分A 与B，而A 之Rf 值为0.3，B 之Rf 值为0.2 则最适合之分离份（fraction）体积为：设硅胶量为50g
8，在作层析时，如何浓密而又均匀的将样品 Loading 在起始点乃是层析分离成功与否的关键。通常的做法是将样品溶解在不超过其体积两倍之低极性溶液，然后小心的将样品涂布于起始点。柱层析（Column Chromatography）时务必等样品液完全进入固定相（Stationary phase）后，以少许溶剂再将管壁上沾着的样品冲入固定相后，才可正式加溶剂开始 Run Column。由于大部分化合物在低极性溶剂中溶解度很差，我们也可以将样品均匀地与少量硅胶混合后干法上样。这也是我们采用最多的方法。
9，在 Run Column 时切记不可使Column 内溶剂过少而使静相顶端干涸，且在添加溶剂也要小心，不可使溶剂急冲而下破坏静相之顶层，尤其在刚开始Run Column 时，否则将造成样品之过量稀释分散，从而严重影响层析效果。
10，在收集时，可以先行以 Rf 值以固定相之总量计算大约样品出现时之流出溶剂体积，在此体积达1/2 量前可以大瓶收集，1/2 量之后再以预定之小容器分别收集。
11，Run Column 时Solvent 之流速一般而言（HPLC,MPLC 除外），流速均以越快越好，因为一般而言Mobile Phase Velocity 与Plate height 成反比，而Plate heigh 越小越好，故动相流速是越快越好。故Flash Chromatography 之效果常较一般Gravity column 为佳。
