阿斯利康(美国)和阿斯利康(瑞典)创新药物研究与早期开发部门(IMED)的Dean G. Brown和Jonas Bostrom对药物化学研究中合成方法的过去与现状进行了比较分析。结果显示,现代药物化学(2014年)与三十年前(1984年)所采用的化学反应相比,当前最常用的反应中没有一个是过去二十年内发现的。仅有两个反应是在八十年代和九十年代提出的(Suzuki–Miyaura反应和Buchwald–Hartwig反应)。这表明,新的合成反应对药物发现具有重要影响,且当前最常用的反应包括酰胺键形成、Suzuki–Miyaura偶联反应和SNAr反应,这主要受到试剂采购、化学选择性等因素的影响,导致某些类型的分子结构被过度使用。
图1.Suzuki–Miyaura反应通式
Roughley 和 Jordan 曾在其重要文献中(J. Med. Chem., 2011, 54, 3451-3479)详细分析了自2008年以来,来自三大制药公司(GSK、Pfizer 和 AstraZeneca)的139篇论文中所采用的化学反应类型。分析结果显示,最常用的反应类型依次为:(a) 酰胺形成(6%);(b) 杂环形成(7.4%);(c) N-芳基化(6.3%);(d) CO2H去保护(5.4%);(e) N-烷基化(5.3%);(f) 还原胺化(5.3%);(g) N-Boc脱保护(4.9%)。尽管Roughley 和 Jordan 的研究方法与本研究有所不同,但两者中最常用的反应类型基本一致,且这一趋势在过去三十年中变化不大。
据文献报道统计,2014年在药物化学中使用频率较高的反应前五分别是:(1)酰胺的形成 (2)SNAr反应(3)Boc保护/去保护 (4)酯水解反应 (5)Suzuki–Miyaura偶联反应
从图中可看出,酰胺键形成反应在1984年占25%,而在2014年已增加至约50%。与此同时,杂环合成在2014年的比例远低于1984年(分别为24%和45%)。这一变化反映了试剂商业化的趋势:许多含官能团的杂环在1984年需要自行合成,而到了2014年,市面上已经可以购买到。此外,高通量化学的发展也使得酰胺键反应比杂环合成更易于控制。另一个有趣的现象是Boc保护/去保护反应在1984年和2014年之间的相对比例变化。在1979-1980年Aldrich目录将其描述为“叔丁氧羰基的一个新试剂”。当时,Boc保护基团的应用并不广泛,但如今它已成为最常用的氨基保护基团之一。
虽然使用保护基团进行复杂分子的合成,会延长反应步数,但我们可以看出在药物合成中保护基团策略的重要性。保护敏感基团,在不同体系下有不同的方法。
图2. Boc保护基团稳定性
1984年大部分反应在2014年仍在应用,但三个反应除外(脱羧反应、傅克酰化和烷基化、醇消除为烯烃的反应)。这三个反应在1984年位于前20位,而在2014年已排在20位之外了,可能的原因是因为付-克类型的反应已经被交叉偶联反应或其他有机金属试剂所替代,而这些试剂在1984年是买不到的。烯烃的形成过去可能是通过消除反应来得到,现在可以通过其他方法得到(如,交叉复分解反应)。脱羧反应以前是形成C-C键优选方法的一个必须步骤(如,β-酮酸酯反应),但是现在被一些更有效和通用的过程所替代。
图3. 1984 年经常使用但 2014 年不常用的反应
随着时代的发展,新方法不断涌现代替一些“旧方法”是必然趋势。从交叉偶联反应和其他有机金属试剂的出现,给化学家们提供了更加高效、选择性强的手段。而传统的消除反应和脱羧反应,由于新方法的突破,逐渐退居二线。这种变化不仅仅是对原有反应的替代,更是整个化学研究方向的转变,反映了从基础化学反应到应用化学工程的深刻变化。我们会发现“过去必须的步骤”逐渐被“更有效和通用的过程所替代”,在任何学科的发展中,创新和进步永远是推动前进的动力。这种变化也给我一个启示:我们需要时刻关注和适应新技术和新方法的出现,不断提升自己的知识体系和技能,以应对不断变化的科学研究和工业需求。
图4. 人名反应在线查询手册
参考文献:
[1] Roughley S D , Jordan A M .The medicinal chemist's toolbox: an analysis of reactions used in the pursuit of drug candidates.[J].Journal of Medicinal Chemistry, 2011, 54(10):3451-79.DOI:10.1021/jm200187y.
[2] 摩熵化学.化合物检索及智能合成一体化数字平台.[DB/OL].https://rxn.molaid.com.[1817-2024]
[3] Dean,G,Brown,et al.Analysis of Past and Present Synthetic Methodologies on Medicinal Chemistry: Where Have All the New Reactions Gone?[J].Journal of Medicinal Chemistry, 2016.DOI:10.1021/acs.jmedchem.5b01409.